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結論から言うと、iBookストアで本を販売するとなると、なかなかハードルは高い感じです。
少なくともApp Storeでアプリを販売するよりも初期費用が多くかかってしまいます。

まず、デベロッパー登録自体は無料です。ここがiOSデベロッパー登録との大きな違いです。
App Storeでアプリを販売する為には年間99ドル（8400円）を払う必要がありますが、その間はいくつでもアプリをリリースする事が出来ます。
iBooksの場合、アカウント登録をするのにも、本をストアに並べる事そのものにも費用はかからないのですが、本を出版する為にISBNコードというものを取得しなければなりません。
このISBNコードを手に入れる為にお金がかかります。
（ISBNはこちらで買う事ができます）
問題は、一つの本につき、別のISBNが必要なので、本を出版する度にお金がかかるという事です。
ISBNは一つだけ買うと$125もします。この時点で既にApp Storeでアプリを販売するより高いのです。
App Storeであれば、$99でブックカテゴリーで何本リリースしてもそれ以上かかりませんが、iBooksだと一冊のリリースで$125の費用がかかります。
ただし、ISBNはまとめ買いするとだいぶお得になり、例えば100個まとめ買いすれば$575ですむので、1本$5.75とかなり安く抑える事が可能になります。
なので、例えば10人くらいでお金を出し合って100個をまとめ買いして10個づつ分けるような事さえ出来れば、初期費用を極力小さくする事もできます。本を出版したいという同士さえ集める事が出来れば、App Storeよりも安くする事も可能という考え方も出来ます。